Der er ikke sådan noget som en C57BL / 6 mus!
Det er afgørende, at du ved, hvilken specifik C57BL / 6-understreng, du bruger, så du bruger de relevante kontroller til dine eksperimenter og fortolker dine data korrekt! Siden C.C. Little (grundlæggeren af The Jackson Laboratory) genererede oprindeligt C57BL indavlet stamme i 1920erne-1930erne, den indavlede understamme C57BL / 6 blev den hyppigst anvendte musestamme i biomedicinsk forskning. Populariteten af C57BL / 6 indavlede mus førte til oprettelsen af mange kolonier hos forskellige leverandører og akademiske institutioner rundt om i verden.
C57BL / 6 understrækninger
Det ved du måske ikke: hver når en ny C57BL / 6-koloni opretholdes adskilt fra en eksisterende koloni i 20 eller flere generationer, bliver den en ny C57BL / 6-understreng. Generationerne er kumulative, så hvis hver af de to separate kolonier yngler i 10 generationer (~ 2-3 år), er de 20 generationer fra hinanden og forskellige understammer med potentielt forskellige fænotyper. Som en del af en stammes nomenklatur tilføjes laboratoriekoder i slutningen som betegnelsen understamme. C57BL / 6J er forældrenes understamme; “J” er laboratoriekoden for The Jackson Laboratory. Derfor er der ingen kilde til “C57BL / 6” mus; der er altid en længere betegnelse for hver understreng, der angiver instituttet eller laboratoriet, der opretholder de forskellige kolonier.
C57BL / 6-understrammer er ikke de samme!
Når en ny C57BL / 6-understreng er er etableret, vil der opstå spontane mutationer i både den oprindelige koloni og den nye koloni. En delmængde af disse mutationer spredes gennem kolonien ved genetisk drift og bliver fikset (homozygot i alle mus). Jo længere individuelle understammer er adskilt fra hinanden, jo større er antallet af genetiske forskelle mellem dem. Disse genetiske forskelle kan føre til fænotypiske forskelle.
C57BL / 6J vs. C57BL / 6N
I 1951 blev C57BL / 6J mus sendt til National Institutes of Health (NIH) hvor en koloni blev oprettet og blev kaldt C57BL / 6N. Efterfølgende er mange understammer stammer fra C57BL / 6N-kolonien. En mutation, der forårsager plettet retinal degeneration, kendt som Crb1rd8, blev opdaget at være homozygot i alle C57BL / 6N-relaterede understammer, men er ikke til stede i C57BL / 6J-understammen. Derudover har data indsamlet fra International Knockout Mouse Consortium (IKMC) fænotypebestemmelser fundet adskillige fænotypiske forskelle mellem C57BL / 6J og C57BL / 6N understrammer.
Farerne ved at falde i uvidenhedsfælden
Der kan være alvorlige konsekvenser, hvis du ikke er helt opmærksom på den genetiske baggrund (stamme og understamme) eller dine eksperimentelle mus. Du ville ikke være den første forsker, der faldt i denne fælde. Når du vælger den forkerte kontrolstamme, har du en høj risiko for at fortolke dine data forkert, nå fejlbehæftede konklusioner og forsinke dit forskningsprogram alvorligt.
Vores blogindlæg “Hvorfor det tog 2 år for et Harvard Research Lab at komme tilbage til forskning” beskriver, hvordan et forskningslaboratorium ved et uheld forbandt en immunmangelfænotype til en knockout-allel, når det faktisk var skyldigt til en mutation i den bestemte C57BL / 6-understreng blev knockouten krydset igen. Fejlen blev opdaget, da knockout-modellen blev tilbagekrydset til en C57BL / 6-understreng fra en anden leverandør, og fænotypen gik tabt. Det meste af tiden, indsats, og ressourcer, der blev brugt til at belyse, hvorfor holdet ikke kunne replikere tidligere resultater, kunne have været gemt, hvis forfatterne havde brugt kontrolmus med samme genetiske baggrund – som den, der bruges til at krydse knockout-modellen af interesse.
Er dette gen beskyttende eller giftigt?
Et andet bemærkelsesværdigt eksempel kommer fra et laboratorium ved National Heart, Lung and Blood Institute (en del af NIH). Efter at have testet virkningerne af en Mapk9 (Jnk2) knockout på acetaminophen -induceret leverskade ved hjælp af C57BL / 6J som vildtypekontrol , resultaterne var i modstrid med forventningerne. Ved gentagelse med C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importeret til JAX fra NIH i 2005) som vildtypekontrol, faldt fænotypen af Mapk9-knockouts helt mellem fænotypen for C57BL / 6J og C57BL / 6NJ (se figur).
Forskerne befandt sig i en situation, hvor de kunne fortolke deres data på to modsatte måder, afhængigt af hvilken kontrol der blev brugt. Hvis den anvendte C57BL / 6J som kontrolelementer, angav dataene, at MAPk9 var hepatobeskyttende. Hvis de brugte C57BL / 6NJ som kontroller, så MAPK9 ud til at være hepatotoksisk.
Figur 1. Datakonklusioner varierer afhængigt af valg af kontrolstamme. Mus blev behandlet med acetaminophen (APAP, 300 mg / kg intraperitonealt). Leverskade blev vurderet 24 timer efter behandling ved måling af serumalaninaminotransferase (ALT) aktivitet.
Heldigvis var forskerne i stand til at fastslå, at Mapk9 knockout var på en C57BL / 6N baggrund, og konkluderede, at genet var hepatotoksisk.Tænk dog på, hvor let disse data kunne have været fejlagtigt, og hvor ofte sådanne fejl går glip af fuldstændigt, hvilket fører til unreproducerbare resultater!
Vær derfor opmærksom og sørg for at du ikke kun kender den indavlede stamme, men også understammen af mus, du bruger til eksperimenter, så du vælger de rigtige kontroller og producerer pålidelige meningsfulde data. Husk, der er ikke sådan en C57BL / 6-musestamme, der er altid et længere navn!