tropper. Lee dristigt splittede sin hær og sendte Jackson til at ødelægge pavens base i Manassas, mens han selv avancerede via en anden rute med James Longstreets halvdel af hæren. Pave åbnede det andet slag ved Bull Run den 29. august med tunge men forgæves angreb på Jackson. Den næste dag ankom Lee og knuste den føderale venstrefløj med et massivt flankeangreb fra Longstreet, der kombineret med Jacksons modangreb kørte nordboerne tilbage i ro mod Washington. Pave mistede 13.824 mand ud af en styrke på omkring 70.000, mens Lee mistede 8.353 ud af omkring 55.000. Da de føderale soldater nu mangler tillid til paven, lindrede Lincoln ham og flettede sine styrker ind i McClellans hær af Potomac.

Lee fulgte sin fordel op med sin første invasion af Norden og skubbede så langt som Frederick, Maryland. Hans håb var at bringe Maryland (en slavestat, der var tilbage i Unionen) ind i Konføderationen. Han følte også, at hvis han kunne fortsætte med at slibe den civile vilje på Unionens side, ville Norden give Konføderationen sin uafhængighed. McClellan var nødt til at omorganisere sin hær under marchen, en opgave, som han udførte med kapacitet. Men McClellan kunne ikke overvinde sine egne værste impulser. Han overvurderede størrelsen på Lees hær med en faktor på omkring to og en halv. Værre er, at han undlod at udnytte et forbløffende heldig lykke: indfangningen af Lees ordrer, opdaget på jorden pakket rundt om tre cigarer. I stedet for straks at slå mod Lees spredte styrker, ventede McClellan 18 timer før han flyttede. Endelig pressede McClellan sig frem og udførte initiativet fra Lee ved at angribe og besejre en konfødereret styrke ved tre hul på South Mountain mellem Frederick og Hagerstown den 14. september. Lee faldt tilbage i en trang forsvarsposition langs Antietam Creek nær Sharpsburg, Maryland hvor han blev forstærket af Jackson, der netop havde fanget omkring 12.000 føderaler ved Harpers Ferry. Efter endnu en forsinkelse ramte McClellan Confederates den 17. september på den blodigste dag i krigen. Selvom de fik noget terræn, kunne føderalerne ikke køre den konfødererede hær ind i Potomac, men Lee blev tvunget til at trække sig tilbage til Virginia. Ved Antietam mistede McClellan 12.401 af omkring 87.000 forlovede, mens Lee mistede 10.316 af måske 45.000. Da McClellan ikke forfulgte Lee så hurtigt som Lincoln og Halleck troede, at han skulle, blev han afløst af Ambrose E. Burnside, en acolyte af McClellan, der havde været en ineffektiv korpschef i Antietam.