Det er ikke noe som heter en C57BL / 6-mus!

Det er viktig at du vet hvilken spesifikk C57BL / 6-delstamme du bruker, slik at du bruker de riktige kontrollene for eksperimentene dine og tolker dataene dine riktig! Siden C.C. Little (grunnleggeren av The Jackson Laboratory) genererte opprinnelig C57BL innavlet stamme i 1920- og 1930-årene, og den innavlede substammen C57BL / 6 ble den mest brukte musestammen i biomedisinsk forskning. Populariteten til C57BL / 6 innavlede mus førte til etablering av mange kolonier ved forskjellige leverandører og akademiske institusjoner rundt om i verden.

C57BL / 6 substrains

Du vet kanskje ikke dette: hver gang en ny C57BL / 6-koloni opprettholdes atskilt fra en eksisterende koloni i 20 eller flere generasjoner, blir den en ny C57BL / 6-understamme. Generasjonene er kumulative, så hvis hver av de to separate koloniene hekker i 10 generasjoner (~ 2-3 år), er de 20 generasjoner fra hverandre, og forskjellige understammer med potensielt forskjellige fenotyper. Som en del av en stammes nomenklatur legges laboratoriekoder til slutt som betegnelse på understammen. C57BL / 6J er foreldrestrenget; «J» er laboratoriekoden for The Jackson Laboratory. Derfor er det ingen kilde til «C57BL / 6» -mus; det er alltid en lengre betegnelse for hver understamme som indikerer instituttet eller laboratoriet som opprettholder de forskjellige koloniene.

C57BL / 6-understammer er ikke de samme! er etablert, vil spontane mutasjoner oppstå i både den opprinnelige kolonien og den nye kolonien. En delmengde av disse mutasjonene vil spre seg gjennom kolonien ved genetisk drift og bli fikset (homozygot i alle mus). Jo lengre individuelle understammer er skilt fra hverandre, jo større er antallet genetiske forskjeller mellom dem. Disse genetiske forskjellene kan føre til fenotypiske forskjeller.

C57BL / 6J vs. C57BL / 6N

I 1951 ble C57BL / 6J mus sendt til National Institutes of Health (NIH) hvor en koloni ble etablert og ble kalt C57BL / 6N. Deretter har mange understammer blitt avledet fra C57BL / 6N-kolonien. En mutasjon som forårsaker flekkete retinal degenerasjon, kjent som Crb1rd8, ble oppdaget å være homozygot i alle C57BL / 6N-relaterte understammer, men er ikke tilstede i C57BL / 6J-understammen. I tillegg har data som er samlet inn fra International Knockout Mouse Consortium (IKMC) fenotypesentre, funnet mange fenotypiske forskjeller mellom C57BL / 6J og C57BL / 6N substrains.

Farene ved å falle i uvitenhetsfellen

Det kan være alvorlige konsekvenser hvis du ikke er helt klar over den genetiske bakgrunnen (stamme og underbelastning) eller dine eksperimentelle mus. Du ville ikke være den første forskeren som falt i denne fellen. Når du velger feil kontrollstamme, har du en høy risiko for å tolke dataene dine feil, komme til feil konklusjoner og forsinke forskningsprogrammet ditt alvorlig.

Vårt blogginnlegg «Hvorfor det tok 2 år for et Harvard Research Lab å komme tilbake til forskning» beskriver hvordan et forskningslaboratorium ved et uhell assosierte en immunmangelfenotype til en knockout-allel når det faktisk var skyldig til en mutasjon i den spesielle C57BL / 6-undergrunnen, ble knockouten krysset på. Feilen ble oppdaget da knockout-modellen ble tilbakekrysset til en C57BL / 6-substrain fra en annen leverandør, og fenotypen gikk tapt. Mesteparten av tiden, innsats, og ressurser som ble brukt til å belyse hvorfor teamet ikke kunne replikere tidligere resultater, kunne ha blitt lagret hvis forfatterne hadde brukt kontrollmus med samme genetiske bakgrunn – som den som ble brukt til å krysse knockout-modellen av interesse.

Er dette genet beskyttende eller giftig?

Et annet bemerkelsesverdig eksempel kommer fra et laboratorium ved National Heart, Lung, and Blood Institute (en del av NIH). Etter å ha testet effekten av en Mapk9 (Jnk2) knockout på acetaminophen -indusert leverskade ved bruk av C57BL / 6J som villtypekontroller , resultatene var i strid med forventningene. Ved gjentakelse av C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importert til JAX fra NIH i 2005) som villtypekontroller, falt fenotypen til Mapk9-knockouts rett mellom fenotypen for C57BL / 6J og C57BL / 6NJ (se figur).

Forskerne befant seg i en situasjon der de kunne tolke dataene sine på to motstridende måter, avhengig av hvilken kontroll som ble brukt. Hvis den brukte C57BL / 6J som kontroller, indikerte dataene at MAPk9 var hepatobeskyttende. Hvis de brukte C57BL / 6NJ som kontroller, så MAPK9 ut til å være hepatotoksisk.

Figur 1. Datakonklusjoner varierer avhengig av valg av kontrollstamme. Mus ble behandlet med acetaminophen (APAP, 300 mg / kg intraperitonealt). Leverskade ble vurdert 24 timer etter behandling ved måling av serumalaninaminotransferase (ALT) -aktivitet.

Heldigvis klarte forskerne å fastslå at Mapk9 knockout var på en C57BL / 6N bakgrunn, og konkluderte med at genet var levertoksisk.Tenk imidlertid hvor lett disse dataene kunne ha blitt feiltolket, og hvor ofte slike feil blir fullstendig savnet, noe som fører til ureproduserbare resultater! underbelastningen til mus du bruker til eksperimenter, slik at du velger de riktige kontrollene og produserer pålitelige meningsfulle data. Husk at det ikke er noe som heter C57BL / 6 musestamme, det er alltid et lengre navn på det!