toinen Bull-Run-taistelu (Manassas) ja Antietam

Paavi eteni itsevarmasti kohti Rappahannock-jokea Virginian armeijansa kanssa, kun Lee, kun McClellan oli vedetty takaisin Richmondin läheltä, muutti pohjoiseen kohdatakseen paavin, ennen kuin kaikki McClellanin jäsenet voisivat liittyä häneen. joukot. Jakamalla armeijan rohkeasti, Lee lähetti Jacksonin tuhoamaan paavin tukikohdan Manassasissa, kun hän itse edistyi toisella reitillä James Longstreetin puolikkaan armeijan kanssa. Paavi avasi toisen Bull Run -taistelun (etelässä, toisen Manassasin taistelun) 29. elokuuta raskailla mutta turhilla hyökkäyksillä Jacksoniin. Seuraavana päivänä Lee saapui ja mursi liittovaltion vasemmiston Longstreetin massiivisella sivuseinällä, joka yhdessä Jacksonin vastahyökkäysten kanssa ajoi pohjoiset takaisin Washingtoniin. Paavi menetti 13824 miestä noin 70 000 voimasta, kun Lee menetti 8353 noin 55 000: sta. Kun liittovaltion sotilailla ei nyt ole luottamusta paaviin, Lincoln vapautti hänet ja yhdisti voimansa McClellanin Potomacin armeijaan.

Lee jatkoi etuaan ensimmäisellä hyökkäyksellään pohjoiseen ja työnsi Marylandin Frederickiin asti. Hänen toiveensa oli tuoda Maryland (orjavaltio, joka oli pysynyt unionissa) konfederaatioon. Hän katsoi myös, että jos hän voisi jatkaa siviilihalun jauhamista unionin puolella, Pohjoinen antaisi konfederaatiolle itsenäisyyden. McClellan joutui järjestämään armeijansa uudelleen marssilla, tehtävän, jonka hän suoritti kykenevästi. Mutta McClellan ei voinut voittaa omia pahimpia impulssejaan. Hän yliarvioi Leen armeijan koon noin kahdella ja puolella. Mikä pahempaa, hän ei onnistunut hyödyntämään hämmästyttävää onnen lyöntiä: siepattujen Lee-käskyjen vangitseminen kolmen sikarin ympärille. Sen sijaan, että McClellan löi välittömästi Lee: n hajallaan olevia joukkoja vastaan, hän odotti 18 tuntia ennen siirtymistään. Lopuksi McClellan työnsi eteenpäin ja haavoitteli Lee-aloitteen hyökkäämällä ja voittamalla liittovaltion joukot Frederickin ja Hagerstownin välissä sijaitsevan Eteläisen vuoren kolmessa aukossa 14. syyskuuta. Lee putosi takaisin ahtaaseen puolustuskantaan Antietam Creekin varrella lähellä Sharpsburgia, Maryland, missä häntä vahvisti Jackson, joka oli juuri vanginnut noin 12 000 federaalia Harpers Ferryllä. Uuden viiveen jälkeen McClellan iski konfederaatioita 17. syyskuuta sodan verisimmässä päivässä. Vaikka liittovaltiot saivat jonkin verran maata, ne eivät pystyneet ajamaan liittovaltion armeijaa Potomaciin, mutta Lee joutui vetäytymään takaisin Virginiaan. Antietamissa McClellan menetti 12 401 noin 87 000 sitoutuneesta, kun Lee menetti 10 316 ehkä 45 000: sta. Kun McClellan ei tavoittanut Leeä niin nopeasti kuin Lincoln ja Halleck ajattelivat hänen olevan, hänet korvattiin komennossa Ambrose E.Burnside, McClellanin akolyytti, joka oli ollut tehoton joukkojen komentaja Antietamissa.