Segunda batalla de Bull Run (Manassas) y Antietam

Pope avanzó con confianza hacia el río Rappahannock con su ejército de Virginia mientras Lee, una vez que McClellan había sido retirado de cerca de Richmond, se trasladó hacia el norte para enfrentarse a Pope antes de que todos los miembros de McClellan se le unieran. tropas. Dividiendo audazmente su ejército, Lee envió a Jackson a destruir la base de Pope en Manassas, mientras él mismo avanzaba por otra ruta con la mitad del ejército de James Longstreet. Pope abrió la Segunda Batalla de Bull Run (en el sur, la Batalla de Second Manassas) el 29 de agosto con fuertes pero inútiles ataques contra Jackson. Al día siguiente, Lee llegó y aplastó a la izquierda federal con un asalto masivo por el flanco de Longstreet, que, combinado con los contraataques de Jackson, hizo retroceder a los norteños a Washington. Pope perdió 13,824 hombres de una fuerza de aproximadamente 70,000, mientras que Lee perdió 8,353 de aproximadamente 55,000. Ahora que los soldados federales no tenían confianza en Pope, Lincoln lo relevó y fusionó sus fuerzas en el Ejército del Potomac de McClellan.

Lee siguió su ventaja con su primera invasión del norte, llegando hasta Frederick, Maryland. Su esperanza era traer Maryland (un estado esclavista que había permanecido en la Unión) a la Confederación. También sintió que si podía seguir reprimiendo la voluntad civil del lado de la Unión, el Norte le otorgaría a la Confederación su independencia. McClellan tuvo que reorganizar su ejército durante la marcha, tarea que realizó con habilidad. Pero McClellan no pudo superar sus peores impulsos. Sobreestimó el tamaño del ejército de Lee en un factor de aproximadamente dos y medio. Peor aún, no pudo sacar provecho de un sorprendente golpe de suerte: la captura de las órdenes de Lee, descubiertas en el suelo envueltas en tres puros. En lugar de atacar inmediatamente a las fuerzas dispersas de Lee, McClellan esperó 18 horas antes de moverse. Finalmente, McClellan siguió adelante y le arrebató la iniciativa a Lee atacando y derrotando a una fuerza confederada en tres brechas de South Mountain entre Frederick y Hagerstown el 14 de septiembre. Lee volvió a caer en una posición defensiva apretada a lo largo de Antietam Creek, cerca de Sharpsburg, Maryland. donde fue reforzado por Jackson, que acababa de capturar a unos 12.000 federales en Harpers Ferry. Después de otro retraso, McClellan atacó a los confederados el 17 de septiembre en el día más sangriento de la guerra. Aunque ganando algo de terreno, los federales no pudieron llevar al ejército confederado al Potomac, pero Lee se vio obligado a retirarse de nuevo a Virginia. En Antietam, McClellan perdió 12,401 de los 87,000 comprometidos, mientras que Lee perdió 10,316 de quizás 45,000. Cuando McClellan no persiguió a Lee tan rápido como Lincoln y Halleck pensaron que debería, fue reemplazado en el mando por Ambrose E. Burnside, un acólito de McClellan que había sido un comandante de cuerpo ineficaz en Antietam.