¡No existe un ratón C57BL / 6!
Es fundamental que sepa qué subcepa específica C57BL / 6 está utilizando para poder utilizar los controles adecuados para sus experimentos e interpretar sus datos correctamente. Desde C.C. Little (el fundador del Laboratorio Jackson) generó inicialmente la cepa endogámica C57BL en las décadas de 1920-1930, la subcepa endogámica C57BL / 6 se convirtió en la cepa de ratón más utilizada en la investigación biomédica. La popularidad de los ratones endogámicos C57BL / 6 llevó al establecimiento de muchas colonias en diferentes proveedores e instituciones académicas de todo el mundo.
Subcepas C57BL / 6
Es posible que no sepa esto: todos Cuando una nueva colonia C57BL / 6 se mantiene separada de una colonia existente durante 20 o más generaciones, se convierte en una nueva subcepa C57BL / 6. Las generaciones son acumulativas, por lo que si cada una de las dos colonias separadas se reproduce durante 10 generaciones (~ 2-3 años), están separadas por 20 generaciones y son diferentes subcepas con fenotipos potencialmente diferentes. Como parte de la nomenclatura de una cepa, los códigos de laboratorio se agregan al final como designación de la subcepa. C57BL / 6J es la subcepa parental; «J» es el código de laboratorio para The Jackson Laboratory. Por lo tanto, no existe una fuente de ratones «C57BL / 6»; siempre hay una designación más larga para cada subcepa que indica el instituto o laboratorio que mantiene las diferentes colonias.
¡Las subcepas C57BL / 6 no son iguales!
Una vez que una nueva subcepa C57BL / 6 se establece, surgirán mutaciones espontáneas tanto en la colonia original como en la nueva colonia. Un subconjunto de esas mutaciones se propagará a través de la colonia por deriva genética y se volverá fijo (homocigoto en todos los ratones). Cuanto más largas estén separadas las subcepas individuales entre sí, mayor será el número de diferencias genéticas entre ellas. Estas diferencias genéticas pueden dar lugar a diferencias fenotípicas.
C57BL / 6J frente a C57BL / 6N
En 1951, se enviaron ratones C57BL / 6J a los Institutos Nacionales de Salud (NIH) donde se estableció una colonia que se denominó C57BL / 6N. Posteriormente, muchas subcepas se han derivado de la colonia C57BL / 6N. Se descubrió que una mutación que causa una degeneración retiniana irregular, conocida como Crb1rd8, es homocigótica en todas las subcepas relacionadas con C57BL / 6N, pero no está presente en la subcepa C57BL / 6J. Además, los datos recopilados de los centros de fenotipado del International Knockout Mouse Consortium (IKMC) han encontrado numerosas diferencias fenotípicas entre las subcepas C57BL / 6J y C57BL / 6N.
Los peligros de caer en la trampa de la ignorancia
Puede haber consecuencias graves si no conoce completamente los antecedentes genéticos (cepa y sustrato) o sus ratones experimentales. No sería el primer investigador en caer en esta trampa. Cuando elige la cepa de control incorrecta, corre un alto riesgo de malinterpretar sus datos, llegar a conclusiones erróneas y retrasar seriamente su programa de investigación.
Nuestra publicación de blog, «Por qué un laboratorio de investigación de Harvard tardó 2 años en volver a la investigación» describe cómo un laboratorio de investigación asoció accidentalmente un fenotipo de inmunodeficiencia a un alelo knockout cuando en realidad era un a una mutación en la subcepa particular C57BL / 6 en la que se retrocruzó el knockout. El error se descubrió cuando el modelo knockout se retrocruzó con una subcepa C57BL / 6 de un proveedor diferente, y se perdió el fenotipo. La mayor parte del tiempo, esfuerzo, y los recursos utilizados para dilucidar por qué el equipo no pudo replicar los resultados anteriores podrían haberse salvado si los autores hubieran utilizado ratones de control con el mismo trasfondo genético, como el que se utilizó para retrocruzar el modelo knockout de interés.
¿Este gen es protector o tóxico?
Otro ejemplo notable proviene de un laboratorio del Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre (parte de los NIH). Después de probar los efectos de un knockout de Mapk9 (Jnk2) en el acetaminofén lesión hepática inducida por el uso de C57BL / 6J como controles de tipo salvaje , los resultados fueron contrarios a las expectativas. Cuando se repitió el uso de C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importado a JAX de NIH en 2005) como controles de tipo salvaje, el fenotipo de los knockouts de Mapk9 se situó de lleno entre el fenotipo de C57BL / 6J y C57BL / 6NJ (ver Figura).
Los investigadores se encontraron en una situación en la que podían interpretar sus datos de dos formas opuestas, según el control que se utilizara. Si se utilizó C57BL / 6J como controles, los datos indicaron que MAPk9 era hepatoprotector. Si usaban C57BL / 6NJ como controles, entonces MAPK9 parecía ser hepatotóxico.
Figura 1. Conclusiones de los datos difieren dependiendo de la selección de la cepa de control. Los ratones se trataron con acetaminofeno (APAP, 300 mg / kg intraperitonealmente). La lesión hepática se evaluó 24 horas después del tratamiento mediante la medición de la actividad de la alanina aminotransferasa (ALT) sérica.
Afortunadamente, los investigadores pudieron determinar que el knockout de Mapk9 estaba en un fondo C57BL / 6N y concluyeron que el gen era hepatotóxico.Sin embargo, piense con qué facilidad se podrían haber malinterpretado estos datos y con qué frecuencia estos errores se pierden por completo, lo que lleva a resultados irreproducibles.
Por lo tanto, esté advertido y asegúrese de conocer no solo la cepa endogámica, sino también la subcepa de ratones que está utilizando para los experimentos para que elija los controles correctos y produzca datos confiables y significativos. Recuerde, no existe una variedad de ratón C57BL / 6, ¡siempre tiene un nombre más largo!