Zweite Schlacht von Bull Run (Manassas) und Antietam

Papst rückte mit seiner Armee von Virginia souverän auf den Rappahannock River zu, während Lee, nachdem McClellan aus der Nähe von Richmond zurückgezogen worden war, nach Norden zog, um sich Papst zu stellen, bevor er von allen McClellans begleitet werden konnte Truppen. Lee spaltete wagemutig seine Armee und schickte Jackson, um die Basis des Papstes in Manassas zu zerstören, während er selbst mit James Longstreets Hälfte der Armee auf einem anderen Weg vorrückte. Papst eröffnete am 29. August die zweite Schlacht von Bull Run (im Süden die Schlacht von Second Manassas) mit schweren, aber vergeblichen Angriffen auf Jackson. Am nächsten Tag traf Lee ein und zerschmetterte die föderale Linke mit einem massiven Flankenangriff von Longstreet, der in Kombination mit Jacksons Gegenangriffen die Nordländer zurück in die Flucht nach Washington trieb. Papst verlor 13.824 Männer aus einer Streitmacht von ungefähr 70.000, während Lee 8.353 von ungefähr 55.000 verlor. Da die Bundessoldaten jetzt kein Vertrauen in Papst haben, entlastete ihn Lincoln und schloss seine Streitkräfte zu McClellans Potomac-Armee zusammen.

Lee verfolgte seinen Vorteil mit seiner ersten Invasion im Norden und drängte bis nach Frederick, Maryland. Seine Hoffnung war es, Maryland (einen Sklavenstaat, der in der Union geblieben war) in die Konföderation zu bringen. Er war auch der Ansicht, dass der Norden der Konföderation ihre Unabhängigkeit gewähren würde, wenn er den zivilen Willen auf Seiten der Union weiter zermürben könnte. McClellan musste seine Armee auf dem Marsch neu organisieren, eine Aufgabe, die er gekonnt erledigte. Aber McClellan konnte seine schlimmsten Impulse nicht überwinden. Er überschätzte die Größe von Lees Armee um den Faktor zweieinhalb. Schlimmer noch, er konnte keinen erstaunlichen Glücksfall nutzen: die Erfassung von Lees Befehlen, die auf dem Boden entdeckt wurden und um drei Zigarren gewickelt waren. Anstatt sofort gegen Lees zerstreute Streitkräfte zu streiken, wartete McClellan 18 Stunden, bevor er sich bewegte. Schließlich drängte McClellan vorwärts und rang Lee die Initiative ab, indem er am 14. September eine konföderierte Streitmacht an drei Lücken des South Mountain zwischen Frederick und Hagerstown angriff und besiegte. Lee fiel in eine enge Verteidigungsposition entlang des Antietam Creek in der Nähe von Sharpsburg, Maryland, zurück. wo er von Jackson verstärkt wurde, der gerade ungefähr 12.000 Federals bei Harpers Ferry gefangen genommen hatte. Nach einer weiteren Verzögerung schlug McClellan die Konföderierten am 17. September am blutigsten Tag des Krieges. Obwohl die Federals etwas an Boden gewannen, konnten sie die konföderierte Armee nicht in den Potomac treiben, aber Lee war gezwungen, sich nach Virginia zurückzuziehen. In Antietam verlor McClellan 12.401 von rund 87.000 Beschäftigten, während Lee 10.316 von vielleicht 45.000 verlor. Als McClellan Lee nicht so schnell verfolgte, wie Lincoln und Halleck es erwartet hatten, wurde er von Ambrose E. Burnside, einem Akolythen von McClellan, der ein ineffektiver Korpsführer in Antietam gewesen war, ersetzt.