Det finns inget sådant som en C57BL / 6-mus!
Det är viktigt att du vet vilken specifik C57BL / 6-underström du använder så att du använder lämpliga kontroller för dina experiment och tolkar dina data korrekt! Sedan C.C. Little (grundaren av The Jackson Laboratory) genererade ursprungligen den inavlade C57BL-stammen under 1920- och 1930-talet, den inavlade substammen C57BL / 6 blev den mest använda musstammen i biomedicinsk forskning. Populariteten hos C57BL / 6 inavlade möss ledde till att många kolonier etablerades vid olika leverantörer och akademiska institutioner runt om i världen.
C57BL / 6 understrängar
Du kanske inte vet detta: alla när en ny C57BL / 6-koloni upprätthålls separat från en befintlig koloni i 20 eller fler generationer, blir den en ny C57BL / 6-underström. Generationerna är kumulativa, så om var och en av de två separata kolonierna föder upp i 10 generationer (~ 2-3 år) är de 20 generationerna ifrån varandra och olika underströmmar med potentiellt olika fenotyper. Som en del av stamens nomenklatur läggs laboratoriekoder till i slutet som understambeteckning. C57BL / 6J är föräldraunderstammen; ”J” är laboratoriekoden för The Jackson Laboratory. Därför finns det ingen källa till ”C57BL / 6” -möss; det finns alltid en längre beteckning för varje substrain som indikerar institutet eller laboratoriet som underhåller de olika kolonierna.
C57BL / 6 substrains är inte desamma!
En gång en ny C57BL / 6 substrain är etablerad kommer spontana mutationer att uppstå i både den ursprungliga kolonin och den nya kolonin. En delmängd av dessa mutationer kommer att spridas genom kolonin genom genetisk drift och fixeras (homozygot i alla möss). Ju längre enskilda substammar är separerade från varandra, desto större är antalet genetiska skillnader mellan dem. Dessa genetiska skillnader kan leda till fenotypiska skillnader.
C57BL / 6J vs. C57BL / 6N
1951 skickades C57BL / 6J-möss till National Institutes of Health (NIH) där en koloni grundades och hette C57BL / 6N. Därefter har många substrains härrör från C57BL / 6N-kolonin. En mutation som orsakar fläckig retinal degenerering, känd som Crb1rd8, upptäcktes vara homozygot i alla C57BL / 6N-relaterade substammar, men finns inte i C57BL / 6J-substammen. Dessutom har data som samlats in från International Knockout Mouse Consortium (IKMC) fenotypcentra hittat många fenotypiska skillnader mellan C57BL / 6J och C57BL / 6N-understrängar.
Farorna med att falla i okunnighetsfällan
Det kan få allvarliga konsekvenser om du inte är helt medveten om den genetiska bakgrunden (stam och substrain) eller dina experimentmöss. Du skulle inte vara den första forskaren som hamnade i denna fälla. När du väljer fel kontrollstammar har du en hög risk att misstolka dina uppgifter, dra felaktiga slutsatser och försena ditt forskningsprogram allvarligt.
Vårt blogginlägg ”Varför det tog två år för ett Harvard Research Lab att komma tillbaka till forskning” beskriver hur ett forskningslaboratorium oavsiktligt associerade en immunbristfenotyp till en knockoutallel när det faktiskt berodde på till en mutation i den specifika C57BL / 6-understrängen korsades utslaget. Felet upptäcktes när utslagsmodellen backkorsades till en C57BL / 6-underström från en annan leverantör, och fenotypen förlorades. För det mesta, ansträngning, och resurser som används för att klargöra varför laget inte kunde replikera tidigare resultat kunde ha sparats om författarna hade använt kontrollmöss med samma genetiska bakgrund – som den som används för att korsa den intressanta knockout-modellen.
Är denna gen skyddande eller giftig?
Ett annat anmärkningsvärt exempel kommer från ett laboratorium vid National Heart, Lung and Blood Institute (en del av NIH). Efter att ha testat effekterna av en Mapk9 (Jnk2) knockout på acetaminophen -inducerad leverskada med C57BL / 6J som vildtypskontroller , resultatet var i strid med förväntningarna. Vid upprepad användning av C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importerad till JAX från NIH 2005) som vildtypskontroller föll fenotypen för Mapk9-knockouts helt mellan fenotypen för C57BL / 6J och C57BL / 6NJ (se figur).
Forskarna befann sig i en situation där de kunde tolka sina data på två motsatta sätt, beroende på vilken kontroll som användes. Om den använda C57BL / 6J som kontroller indikerade data att MAPk9 var hepatoprotective. Om de använde C57BL / 6NJ som kontroller verkade MAPK9 vara hepatotoxiskt.
Figur 1. Dataslutsatser varierar beroende på val av kontrollstam. Möss behandlades med acetaminofen (APAP, 300 mg / kg intraperitonealt). Leverskada bedömdes 24 timmar efter behandling genom mätning av serumalaninaminotransferas (ALT) -aktivitet.
Lyckligtvis kunde forskarna fastställa att Mapk9-knockout var på en C57BL / 6N-bakgrund och drog slutsatsen att genen var hepatotoxisk.Men tänk på hur lätt dessa data kunde ha tolkats felaktigt och hur ofta sådana misstag missas helt, vilket leder till oåtergivbara resultat!
Var därför uppmärksam och se till att du inte bara känner till den inavlade stammen utan också understammen för möss som du använder för experiment så att du väljer rätt kontroller och producerar tillförlitliga meningsfulla data. Kom ihåg att det inte finns en C57BL / 6-musstam, det finns alltid ett längre namn!