Andra Battle of Bull Run (Manassas) och Antietam

Påven avancerade med tillförsikt mot Rappahannock River med sin Army of Virginia medan Lee, när McClellan hade dragits tillbaka från nära Richmond, flyttade norrut för att konfrontera påven innan han kunde få sällskap av alla McClellans trupper. Lee vågade splittra sin armé och skickade Jackson för att förstöra påvens bas i Manassas, medan han själv avancerade via en annan väg med James Longstreet hälften av armén. Påven öppnade andra striden vid Bull Run (i söder, striden vid andra Manassas) den 29 augusti med tunga men fåfänga attacker mot Jackson. Nästa dag kom Lee och krossade den federala vänstern med ett massivt flankangrepp av Longstreet, vilket i kombination med Jacksons motattacker körde nordborna tillbaka i vanliga fall mot Washington. Påven förlorade 13 824 män av en styrka på cirka 70 000, medan Lee förlorade 8 353 av cirka 55 000. Då de federala soldaterna nu saknar förtroende för påven, lindrade Lincoln honom och slog samman sina styrkor till McClellans armé av Potomac.

Lee följde upp sin fördel med sin första invasion av norr och pressade så långt som till Frederick, Maryland. Hans hopp var att föra Maryland (en slavstat som hade stannat kvar i unionen) till konfederationen. Han kände också att om han kunde fortsätta att mala ner den civila viljan på unionssidan, skulle norra ge konfederationen dess självständighet. McClellan var tvungen att omorganisera sin armé under marschen, en uppgift som han utförde på ett skickligt sätt. Men McClellan kunde inte övervinna sina värsta impulser. Han överskattade storleken på Lees armé med en faktor på cirka två och en halv. Ännu värre, han misslyckades med att utnyttja ett förvånande lyckslag: fångsten av Lees order, upptäckt på marken insvept runt tre cigarrer. I stället för att slå omedelbart mot Lees spridda styrkor väntade McClellan 18 timmar innan han flyttade. Slutligen pressade McClellan framåt och bröt upp initiativet från Lee genom att attackera och besegra en konfedererad styrka vid tre luckor på South Mountain mellan Frederick och Hagerstown den 14 september. Lee föll tillbaka i en trång defensiv position längs Antietam Creek, nära Sharpsburg, Maryland, där han förstärktes av Jackson, som precis hade fångat cirka 12 000 federaler vid Harpers Ferry. Efter ännu en försening slog McClellan Confederates den 17 september på krigets blodigaste dag. Trots att de fick lite mark kunde federalerna inte driva den konfedererade armén in i Potomac, men Lee var tvungen att dra sig tillbaka till Virginia. Vid Antietam förlorade McClellan 12 401 av cirka 87 000 förlovade, medan Lee förlorade 10 316 av kanske 45 000. När McClellan inte förföljde Lee så snabbt som Lincoln och Halleck trodde att han borde, ersattes han med befäl av Ambrose E. Burnside, en acolyte av McClellan som hade varit en ineffektiv korpschef vid Antietam.