Nu există un mouse C57BL / 6!

Este esențial să știți ce subtrain specific C57BL / 6 utilizați, astfel încât să utilizați comenzile adecvate pentru experimentele dvs. și să interpretați corect datele! Din moment ce C.C. Mic (fondatorul The Jackson Laboratory) a generat inițial tulpina consangvinizată C57BL în anii 1920-1930, substrainul consangvinizat C57BL / 6 a devenit cea mai frecvent utilizată tulpină de șoarece în cercetarea biomedicală. Popularitatea șoarecilor consangvinizați C57BL / 6 a dus la înființarea multor colonii la diferiți furnizori și instituții academice din întreaga lume.

C57BL / 6 substrains

Este posibil să nu știți acest lucru: fiecare de când o nouă colonie C57BL / 6 este menținută separat de o colonie existentă timp de 20 sau mai multe generații, devine un nou subtrain C57BL / 6. Generațiile sunt cumulative, deci dacă fiecare dintre cele două colonii separate se înmulțesc timp de 10 generații (~ 2-3 ani), acestea sunt la 20 de generații distanță și substrene diferite, cu fenotipuri potențial diferite. Ca parte a nomenclaturii unei tulpini, codurile de laborator sunt adăugate la sfârșit ca denumire de substrain. C57BL / 6J este substrainul parental; „J” este codul de laborator pentru Laboratorul Jackson. Prin urmare, nu există nicio sursă de șoareci „C57BL / 6”; există întotdeauna o denumire mai lungă pentru fiecare substrain care indică institutul sau laboratorul care întreține diferitele colonii.

Subtrenurile C57BL / 6 nu sunt aceleași!

Odată ce un nou subtrain C57BL / 6 este stabilită, vor apărea mutații spontane atât în colonia originală, cât și în noua colonie. Un subset al acestor mutații se va răspândi prin colonie prin deriva genetică și va deveni fix (homozigot la toți șoarecii). Cu cât substrenele individuale mai lungi sunt separate unele de altele, cu atât este mai mare numărul diferențelor genetice dintre ele. Aceste diferențe genetice pot duce la diferențe fenotipice.

C57BL / 6J vs. C57BL / 6N

În 1951, șoarecii C57BL / 6J au fost trimiși la National Institutes of Health (NIH) unde s-a înființat o colonie și s-a numit C57BL / 6N. Ulterior, multe substrene au fost derivate din colonia C57BL / 6N. O mutație care determină degenerescența retiniană spotty, cunoscută sub numele de Crb1rd8, a fost descoperită a fi homozigotă în toate substrenele legate de C57BL / 6N, dar nu este prezentă în substrainul C57BL / 6J. În plus, datele colectate de la centrele de fenotipare ale International Knockout Mouse Consortium (IKMC) au găsit numeroase diferențe fenotipice între substrenele C57BL / 6J și C57BL / 6N.

Pericolele căderii în capcana ignoranței

Pot exista consecințe grave dacă nu sunteți pe deplin conștienți de fundalul genetic (tulpină și substrain) și de șoarecii experimentali. Nu ați fi primul cercetător care a căzut în această capcană. Când alegeți o greșeală de control greșită, aveți un risc ridicat de a vă interpreta greșit datele, de a ajunge la concluzii greșite și de a întârzia serios programul de cercetare.

Postarea noastră de pe blog, „De ce a durat 2 ani pentru ca un laborator de cercetare de la Harvard să se întoarcă la cercetare” descrie modul în care un laborator de cercetare a asociat accidental un fenotip de deficiență imunitară la o alelă eliminatorie atunci când de fapt era la o mutație în substrainul C57BL / 6 special, knockout-ul a fost încrucișat înapoi. Eroarea a fost descoperită când modelul knockout a fost retro-încrucișat într-un substrain C57BL / 6 de la un alt furnizor, iar fenotipul a fost pierdut. De cele mai multe ori, efort, și resursele folosite pentru a elucida motivul pentru care echipa nu ar putea reproduce rezultatele anterioare ar fi putut fi salvate dacă autorii ar fi folosit șoareci de control cu același fundal genetic – ca cel folosit pentru a încrucișa modelul de interes knockout.

Este această genă protectoare sau toxică?

Un alt exemplu notabil vine dintr-un laborator de la Institutul Național al Inimii, Plămânilor și Sângelui (parte a NIH). După testarea efectelor unui knockout Mapk9 (Jnk2) asupra acetaminofenului -leziuni hepatice induse folosind C57BL / 6J ca controale de tip sălbatic , rezultatele au fost contrare așteptărilor. Când se repetă folosind C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importat în JAX de la NIH în 2005) ca controale de tip sălbatic, fenotipul knockout-urilor Mapk9 a căzut direct între fenotipul pentru C57BL / 6J și C57BL / 6NJ (vezi Figura).

Cercetătorii s-au trezit într-o situație în care își puteau interpreta datele în două moduri opuse, în funcție de controlul utilizat. Dacă C57BL / 6J a folosit ca controale, atunci datele indicau că MAPk9 era hepatoprotector. Dacă au folosit C57BL / 6NJ drept controale, atunci MAPK9 părea a fi hepatotoxic.

Figura 1. Concluziile datelor diferă în funcție de selecția tulpinii de control. Șoarecii au fost tratați cu acetaminofen (APAP, 300 mg / kg intraperitoneal). Leziunea hepatică a fost evaluată la 24 de ore după tratament prin măsurarea activității serice a alaninei aminotransferazei (ALT).

Din fericire, cercetătorii au reușit să determine că eliminarea Mapk9 a fost pe un fond C57BL / 6N și a concluzionat că gena a fost hepatotoxică.Cu toate acestea, gândiți-vă cât de ușor ar fi putut fi interpretate greșit aceste date și cât de des sunt pierdute complet astfel de greșeli, ducând la rezultate iremediabile!

Prin urmare, fiți avertizați și asigurați-vă că nu cunoașteți doar tulpina consangvinizată, ci și substrainul de șoareci pe care îl utilizați pentru experimente, astfel încât să alegeți controalele potrivite și să produceți date semnificative fiabile. Amintiți-vă, nu există o tulpină de șoarece C57BL / 6, există întotdeauna un nume mai lung!