Heisenberg i partia nazistowska
II wojna światowa
Odkrycie rozszczepienia jądra atomowego umieściło jądro atomowe w centrum uwagi. Po niemieckiej inwazji na Polskę w 1939 r. Heisenberg został powołany do pracy w Biurze Broni Wojskowej zajmującej się problemem energii jądrowej. Początkowo dojeżdżając między Lipskiem a Instytutem Fizyki Cesarza Wilhelma (KWI) w Berlinie, a po 1942 r. Jako dyrektor tego ostatniego Heisenberg objął wiodącą rolę w niemieckich badaniach jądrowych. W kontekście nazistowskim rola ta była niezwykle kontrowersyjna. Oczywiście grupie badawczej Heisenberga nie udało się wyprodukować reaktora ani bomby atomowej. Dla wyjaśnienia, niektóre relacje przedstawiają Heisenberga jako po prostu niekompetentnego; inni z kolei sugerowali, że celowo opóźniał lub sabotował wysiłek. Z perspektywy czasu widać, że rzeczywiście w kilku punktach badań wystąpiły krytyczne błędy. Podobnie jest oczywiste, że niemiecki projekt broni jądrowej jako całość nie odznaczał się takim samym entuzjazmem, jaki panował w projekcie Manhattan w Stanach Zjednoczonych. Jednak czynniki pozostające poza bezpośrednią kontrolą Heisenberga odegrały bardziej istotną rolę w wyniku.
W przeciwieństwie do zjednoczonych wysiłków anglo-amerykańskich, niemiecki projekt był biurokratycznie podzielony i odcięty od międzynarodowej współpracy. W Niemczech brakowało kluczowych materiałów, nie mówiąc już o powszechnych przemieszczeniach spowodowanych bombardowaniem sieci transportowej przez aliantów. Co więcej, ogólna perspektywa strategiczna krytycznie wpłynęła na ustalenie priorytetów lub zmniejszenie priorytetów badań nad bombami atomowymi. Po konferencji z naukowcami z Osi w 1942 r. Niemiecki minister ds. Uzbrojenia i produkcji wojennej Albert Speer stwierdził, że badania reaktorów powinny być kontynuowane, ale jest mało prawdopodobne, aby jakakolwiek bomba została opracowana na czas do użycia w wojnie. Dla potwierdzenia oficjalny początek Projektu Manhattan w Stanach Zjednoczonych nastąpił również w 1942 roku i nawet przy jego ogromnym wysiłku nie był on w stanie wyprodukować bomby atomowej przed kapitulacją Niemiec.
Kontrowersje również krążył wokół wykładów Heisenberga w krajach takich jak Dania i Holandia w latach wojny. Te wyjazdy poza granice Niemiec musiały odbywać się za aprobatą władz niemieckich i dlatego były postrzegane przez kolegów z okupowanych krajów jako wskazujące na poparcie nazistowskich przywódców dla Heisenberga i vice versa. Najbardziej znana pod tym względem była podróż do Kopenhagi we wrześniu 1941 roku, podczas której Heisenberg poruszył temat badań nad bronią jądrową w rozmowie z Bohrem, obrażając go i niepokojąc, choć Heisenberg twierdził później, że reakcja Bohra opierała się na pewnym nieporozumieniu. Dokładna treść rozmowy nigdy nie została wyjaśniona.
Do stycznia 1945 roku KWI for Physics zostało ewakuowane do miast Hechingen i Haigerloch w prowincji Hohenzollern (wówczas enklawa pruska, obecnie część stanu Badenii-Wirtembergii). Pod koniec wojny Heisenberg pojechał stamtąd rowerem do rodzinnego domu wakacyjnego w Bawarii. Tam został schwytany przez amerykański zespół wywiadu wojskowego i ostatecznie został internowany wraz z kilkoma innymi niemieckimi fizykami w Anglii. Ich rozmowy po wiadomościach o bombardowaniu atomowym Hiroszimy w Japonii początkowo sugerowały, że Heisenberg nie miał jasnego pojęcia o niektórych podstawowych zasadach projektowania bomb – np. Przybliżonej masie krytycznej – ale w ciągu kilku dni rozwiązał wiele z tych problemów.