Druga bitwa Bull Run (Manassas) i Antietam

Papież śmiało ruszył w kierunku rzeki Rappahannock ze swoją Armią Wirginii, podczas gdy Lee, gdy McClellan został wycofany z okolic Richmond, ruszył na północ, by stawić czoła Papieżowi, zanim mógł dołączyć do niego cała drużyna McClellana wojsko. Odważnie rozdzielając swoją armię, Lee wysłał Jacksona, aby zniszczył bazę Popea w Manassas, podczas gdy on sam ruszył inną drogą z połową armii Jamesa Longstreeta. Papież otworzył drugą bitwę pod Bull Run (na południu, bitwa pod drugą Manassas) 29 sierpnia ciężkimi, ale daremnymi atakami na Jacksona. Następnego dnia przybył Lee i zmiażdżył lewicę federalną potężnym atakiem z flanki Longstreeta, który w połączeniu z kontratakami Jacksona zmusił mieszkańców północy z powrotem do rozgromienia Waszyngtonu. Pope stracił 13 824 ludzi z około 70 000, a Lee 8 353 z około 55 000. Ponieważ żołnierze federalni nie mają teraz zaufania do papieża, Lincoln zwolnił go i połączył jego siły w Armii Potomaku McClellana.

Lee wykorzystał swoją przewagę podczas pierwszej inwazji na północ, docierając aż do Frederick w stanie Maryland. Miał nadzieję, że Maryland (państwo niewolnicze, które pozostało w Unii) wejdzie do Konfederacji. Czuł również, że jeśli będzie mógł nadal osłabiać wolę cywilną po stronie Unii, Północ zapewni Konfederacji niezależność. McClellan musiał zreorganizować swoją armię podczas marszu, co wykonał umiejętnie. Ale McClellan nie mógł przezwyciężyć własnych najgorszych impulsów. Przecenił wielkość armii Lee o około dwa i pół razy. Co gorsza, nie udało mu się wykorzystać zaskakującego szczęścia: schwytania zamówień Lee, odkrytych na ziemi owiniętej wokół trzech cygar. Zamiast natychmiast zaatakować rozproszone siły Lee, McClellan odczekał 18 godzin, zanim ruszył. W końcu McClellan parł naprzód i wyrwał inicjatywę Lee, atakując i pokonując siły Konfederacji w trzech szczelinach South Mountain między Frederick i Hagerstown 14 września. Lee spadł z powrotem na ciasną pozycję obronną wzdłuż Antietam Creek, niedaleko Sharpsburg w stanie Maryland. gdzie został wzmocniony przez Jacksona, który właśnie schwytał około 12 000 federalistów w Harpers Ferry. Po kolejnym opóźnieniu McClellan uderzył Konfederatów 17 września, w najkrwawszy dzień wojny. Mimo zdobycia pewnej pozycji, Federalni nie byli w stanie wypędzić armii Konfederacji do Potomac, ale Lee został zmuszony do wycofania się z powrotem do Wirginii. Na Antietam McClellan stracił 12 401 z około 87 000 zaangażowanych, podczas gdy Lee stracił 10316 z być może 45 000. Kiedy McClellan nie ścigał Lee tak szybko, jak Lincoln i Halleck sądzili, że powinien, został zastąpiony przez Ambrose E. Burnside, akolita McClellana, który był nieefektywnym dowódcą korpusu w Antietam.