Seconda battaglia di Bull Run (Manassas) e Antietam

Pope avanzò con sicurezza verso il fiume Rappahannock con il suo esercito della Virginia mentre Lee, una volta che McClellan fu ritirato da Richmond, si spostò verso nord per affrontare Pope prima che potesse essere raggiunto da tutti i McClellan truppe. Spaccando audacemente il suo esercito, Lee inviò Jackson a distruggere la base di Pope a Manassas, mentre lui stesso avanzò per unaltra strada con la metà dellesercito di James Longstreet. Pope ha aperto la seconda battaglia di Bull Run (nel sud, la battaglia di Second Manassas) il 29 agosto con attacchi pesanti ma futili a Jackson. Il giorno successivo Lee arrivò e schiacciò la sinistra federale con un massiccio assalto al fianco da parte di Longstreet, che, combinato con i contrattacchi di Jackson, respinse i nordisti in rotta su Washington. Pope ha perso 13.824 uomini su una forza di circa 70.000, mentre Lee ha perso 8.353 su circa 55.000. Con i soldati federali che ora non hanno fiducia in Pope, Lincoln lo sollevò e unì le sue forze nellEsercito del Potomac di McClellan.

Lee ha proseguito il suo vantaggio con la sua prima invasione del Nord, spingendosi fino a Frederick, nel Maryland. La sua speranza era di portare il Maryland (uno stato schiavista che era rimasto nellUnione) nella Confederazione. Sentiva anche che se avesse potuto continuare a schiacciare la volontà civile da parte dellUnione, il Nord avrebbe concesso alla Confederazione la sua indipendenza. McClellan ha dovuto riorganizzare il suo esercito in marcia, un compito che ha svolto abilmente. Ma McClellan non riuscì a superare i suoi peggiori impulsi. Ha sovrastimato le dimensioni dellesercito di Lee di un fattore di circa due volte e mezzo. Peggio ancora, non è riuscito a trarre vantaggio da un sorprendente colpo di fortuna: la cattura degli ordini di Lee, scoperto a terra avvolto intorno a tre sigari. Invece di colpire immediatamente contro le forze disperse di Lee, McClellan ha aspettato 18 ore prima di muoversi. Alla fine, il 14 settembre McClellan si spinse in avanti e strappò liniziativa a Lee attaccando e sconfiggendo una forza confederata a tre fessure della Montagna Sud tra Frederick e Hagerstown. Lee cadde in una angusta posizione difensiva lungo Antietam Creek, vicino a Sharpsburg, nel Maryland, dove fu rinforzato da Jackson, che aveva appena catturato circa 12.000 federali ad Harpers Ferry. Dopo lennesimo ritardo, McClellan colpì i Confederati il 17 settembre nel giorno più sanguinoso della guerra. Sebbene guadagnando terreno, i federali non furono in grado di guidare lesercito confederato nel Potomac, ma Lee fu costretto a ritirarsi di nuovo in Virginia. Ad Antietam, McClellan ha perso 12.401 su circa 87.000 impegnati, mentre Lee ha perso 10.316 su forse 45.000. Quando McClellan non inseguì Lee con la rapidità con cui Lincoln e Halleck pensavano che avrebbe dovuto, fu sostituito al comando da Ambrose E. Burnside, un accolito di McClellan che era stato un inefficace comandante di corpo ad Antietam.