Non esiste un mouse C57BL / 6!
È fondamentale che tu sappia quale specifica sottostruttura C57BL / 6 stai utilizzando in modo da utilizzare i controlli appropriati per i tuoi esperimenti e interpretare correttamente i tuoi dati! Poiché C.C. Little (il fondatore del Jackson Laboratory) ha inizialmente generato il ceppo inbred C57BL negli anni 20 -30, il substrain C57BL / 6 è diventato il ceppo di topo più frequentemente utilizzato nella ricerca biomedica. La popolarità dei topi inbred C57BL / 6 ha portato alla creazione di molte colonie presso diversi fornitori e istituzioni accademiche in tutto il mondo.
C57BL / 6 substrains
Potresti non saperlo: ogni ogni volta che una nuova colonia C57BL / 6 viene mantenuta separata da una colonia esistente per 20 o più generazioni, diventa un nuovo substrain C57BL / 6. Le generazioni sono cumulative, quindi se ciascuna delle due colonie separate si riproduce per 10 generazioni (~ 2-3 anni), sono a 20 generazioni di distanza e diversi substrains con fenotipi potenzialmente diversi. Come parte della nomenclatura di un ceppo, i codici di laboratorio vengono aggiunti alla fine come designazione del substrain. C57BL / 6J è il vincolo parentale; “J” è il codice di laboratorio per The Jackson Laboratory. Pertanto, non esiste una fonte di topi “C57BL / 6”; cè sempre una designazione più lunga per ogni substrain che indica listituto o il laboratorio che mantiene le diverse colonie.
I substrain C57BL / 6 non sono gli stessi!
Una volta che un nuovo substrain C57BL / 6 è stabilito, mutazioni spontanee sorgeranno sia nella colonia originale, sia nella nuova colonia. Un sottoinsieme di queste mutazioni si diffonderà attraverso la colonia per deriva genetica e si fisserà (omozigote in tutti i topi). Più a lungo i singoli substrains sono separati gli uni dagli altri, maggiore è il numero di differenze genetiche tra di loro. Queste differenze genetiche possono portare a differenze fenotipiche.
C57BL / 6J vs. C57BL / 6N
Nel 1951, i topi C57BL / 6J furono inviati al National Institutes of Health (NIH) dove una colonia è stata stabilita ed è stata chiamata C57BL / 6N. Successivamente, molti substrains sono stati derivati dalla colonia C57BL / 6N. Una mutazione che causa una degenerazione retinica macchiata, nota come Crb1rd8, è stata scoperta essere omozigote in tutti i substrain C57BL / 6N, ma non è presente nel substrain C57BL / 6J. Inoltre, i dati raccolti dai centri di fenotipizzazione dellInternational Knockout Mouse Consortium (IKMC) hanno rilevato numerose differenze fenotipiche tra i substrains C57BL / 6J e C57BL / 6N.
I pericoli di cadere nella trappola dellignoranza
Possono esserci gravi conseguenze se non sei pienamente consapevole del background genetico (ceppo e substrain) o dei tuoi topi sperimentali. Non saresti il primo ricercatore a cadere in questa trappola. Quando scegli il ceppo di controllo sbagliato, hai un alto rischio di interpretare male i tuoi dati, giungere a conclusioni errate e ritardare seriamente il tuo programma di ricerca.
Il nostro post sul blog, “Perché ci sono voluti 2 anni per un laboratorio di ricerca di Harvard per tornare alla ricerca” descrive come un laboratorio di ricerca ha accidentalmente associato un fenotipo di immunodeficienza a un allele knockout quando in realtà era dovuto a una mutazione nel particolare substrain C57BL / 6 su cui il knockout è stato reincrociato. Lerrore è stato scoperto quando il modello knockout è stato incrociato con un substrain C57BL / 6 da un altro fornitore e il fenotipo è stato perso. La maggior parte delle volte, sforzo, e le risorse utilizzate per chiarire il motivo per cui il team non è riuscito a replicare i risultati precedenti avrebbero potuto essere salvate se gli autori avessero utilizzato topi di controllo con lo stesso background genetico, come quello utilizzato per il backcross del modello knockout di interesse.
Questo gene è protettivo o tossico?
Un altro esempio degno di nota proviene da un laboratorio del National Heart, Lung, and Blood Institute (parte dellNIH). Dopo aver testato gli effetti di un knockout Mapk9 (Jnk2) sul paracetamolo -danno epatico indotto utilizzando C57BL / 6J come controlli wild-type , i risultati sono stati contrari alle aspettative. Quando ripetuto utilizzando C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importato in JAX da NIH nel 2005) come controlli wild type, il fenotipo dei knockout Mapk9 rientrava esattamente tra il fenotipo per C57BL / 6J e C57BL / 6NJ (vedi Figura).
I ricercatori si sono trovati in una situazione in cui potevano interpretare i loro dati in due modi opposti, a seconda del controllo utilizzato. Se il C57BL / 6J utilizzato come controlli, i dati indicavano che MAPk9 era epatoprotettivo. Se usavano C57BL / 6NJ come controlli, MAPK9 sembrava essere epatotossico.
Figura 1. Conclusioni sui dati differiscono a seconda della selezione del ceppo di controllo. I topi sono stati trattati con acetaminofene (APAP, 300 mg / kg per via intraperitoneale). Il danno epatico è stato valutato 24 ore dopo il trattamento misurando lattività sierica dellalanina aminotransferasi (ALT).
Fortunatamente, i ricercatori sono stati in grado di determinare che il knockout di Mapk9 era su uno sfondo C57BL / 6N e hanno concluso che il era epatotossico.Tuttavia, pensa con quanta facilità questi dati avrebbero potuto essere interpretati erroneamente e quanto spesso tali errori vengono completamente ignorati, portando a risultati non riproducibili!
Pertanto, essere avvisati e assicurarsi di conoscere non solo la varietà innata, ma anche il substrain dei topi che stai usando per gli esperimenti in modo da scegliere i controlli giusti e produrre dati significativi affidabili. Ricorda, non esiste una varietà di topi C57BL / 6, cè sempre un nome più lungo!