Myš C57BL / 6 neexistuje!
Je velmi důležité, abyste věděli, jaký konkrétní kmen C57BL / 6 používáte, abyste pro experimenty použili příslušné ovládací prvky a správně interpretovali svá data! Vzhledem k tomu, C.C. Little (zakladatel The Jackson Laboratory) původně vytvořil inbrední kmen C57BL ve 20. a 30. letech, inbrední subrain C57BL / 6 se stal nejčastěji používaným kmenem myší v biomedicínském výzkumu. Popularita inbredních myší C57BL / 6 vedla k založení mnoha kolonií u různých prodejců a akademických institucí po celém světě.
Sub57 C57BL / 6
Možná to nevíte: každý v době, kdy je nová kolonie C57BL / 6 udržována odděleně od stávající kolonie po dobu 20 nebo více generací, stává se novým kmenem C57BL / 6. Generace jsou kumulativní, takže pokud se každá ze dvou samostatných kolonií rozmnožuje po dobu 10 generací (~ 2–3 roky), jsou od sebe vzdáleny 20 generací a mají různé podrozměrné kmeny s potenciálně odlišnými fenotypy. Jako součást nomenklatury kmene jsou na konec přidány laboratorní kódy jako označení poddruhu. C57BL / 6J je rodičovský substrain; „J“ je laboratorní kód pro The Jackson Laboratory. Proto neexistuje žádný zdroj „myší C57BL / 6“; vždy existuje delší označení pro každý kmen, který označuje ústav nebo laboratoř, která udržuje různé kolonie.
C57BL / 6 podkmeny nejsou stejné!
Jednou nový kmen C57BL / 6 je zjištěno, spontánní mutace vzniknou jak v původní kolonii, tak v nové kolonii. Podmnožina těchto mutací se rozšíří kolonií genetickým driftem a stane se fixovanou (homozygotní u všech myší). Čím delší jsou jednotlivé dílčí od sebe oddělené, tím větší je počet genetických rozdílů mezi nimi. Tyto genetické rozdíly mohou vést k fenotypovým rozdílům.
C57BL / 6J vs. C57BL / 6N
V roce 1951 byly myši C57BL / 6J odeslány do National Institutes of Health (NIH), kde byla založena kolonie s názvem C57BL / 6N. Následně bylo z kolonie C57BL / 6N odvozeno mnoho subrainů. Bylo zjištěno, že mutace, která způsobuje skvrnitou degeneraci sítnice, známá jako Crb1rd8, je homozygotní ve všech podskupinách souvisejících s C57BL / 6N, ale není přítomna v podříznutí C57BL / 6J. Navíc data shromážděná z fenotypových center International Knockout Mouse Consortium (IKMC) našla četné fenotypové rozdíly mezi poddruhy C57BL / 6J a C57BL / 6N.
Nebezpečí pádu do pasti nevědomosti
Pokud si plně neuvědomujete genetické pozadí (kmen a kmen) nebo své experimentální myši, mohou to mít vážné následky. Nebyli byste prvním výzkumníkem, který by se dostal do této pasti. Pokud zvolíte nesprávný kontrolní kmen, máte vysoké riziko nesprávné interpretace dat, dosažení chybných závěrů a vážného zpoždění vašeho výzkumného programu.
Náš příspěvek na blogu „Proč trvalo 2 roky, než se výzkumná laboratoř Harvard vrátila k výzkumu“ popisuje, jak výzkumná laboratoř náhodně spojila fenotyp imunodeficience s knockoutovou alelou, i když ve skutečnosti na mutaci v konkrétním kmenu C57BL / 6 byl knock-out zpětně křížen. Chyba byla objevena, když byl model knockoutu zpětně křížen s kmenem C57BL / 6 od jiného dodavatele a fenotyp byl ztracen. Většinu času, úsilí, a prostředky použité k objasnění toho, proč tým nemohl replikovat předchozí výsledky, by bylo možné uložit, kdyby autoři použili kontrolní myši se stejným genetickým pozadím – jako bylo použito k zpětnému křížení požadovaného modelu vyřazení.
Je tento gen ochranný nebo toxický?
Další pozoruhodný příklad pochází z laboratoře v Národním institutu pro srdce, plíce a krev (součást NIH). Po testování účinků knock-outu Mapk9 (Jnk2) na acetaminofen -indukované poškození jater s použitím C57BL / 6J jako kontroly divokého typu , výsledky byly v rozporu s očekáváním. Při opakovaném použití C57BL / 6NJ (C57BL / 6N importovaných do JAX z NIH v roce 2005) jako kontroly divokého typu fenotyp knock-outů Mapk9 spadl přímo mezi fenotyp pro C57BL / 6J a C57BL / 6NJ (viz obrázek).
Vědci se dostali do situace, kdy mohli svá data interpretovat dvěma protichůdnými způsoby, podle toho, která kontrola byla použita. Pokud byla použita C57BL / 6J jako kontrola, pak data naznačovala, že MAPk9 byl hepatoprotektivní. Pokud jako kontroly použili C57BL / 6NJ, zdálo se, že MAPK9 je hepatotoxický.
Obrázek 1. Závěry údajů se liší v závislosti na výběru kontrolního kmene. Myši byly ošetřeny acetaminofenem (APAP, 300 mg / kg intraperitoneálně). Poranění jater bylo hodnoceno 24 hodin po léčbě měřením aktivity sérové alaninaminotransferázy (ALT).
Naštěstí byli vědci schopni určit, že vyřazení Mapk9 bylo na pozadí C57BL / 6N, a dospěli k závěru, že gen byl hepatotoxický.Přemýšlejte však o tom, jak snadno mohla být tato data nesprávně interpretována a jak často se takové chyby úplně ztratily, což by vedlo k nereprodukovatelným výsledkům!
Proto buďte předem varováni a ujistěte se, že znáte nejen inbrední kmen, ale také substrain myší, které používáte pro experimenty, abyste si vybrali správné ovládací prvky a vytvořili spolehlivá smysluplná data. Pamatujte, že neexistuje nic jako kmen myši C57BL / 6, vždy existuje delší název!