Heisenberg a nacistická strana
druhá světová válka
Objev jaderného štěpení tlačil atomové jádro do středu pozornosti. Po německé invazi do Polska v roce 1939 byl Heisenberg povolán do práce pro Armádní úřad pro zbraně v oblasti jaderné energie. Zpočátku dojížděli mezi Lipskem a Kaiser Wilhelm Institute (KWI) pro fyziku v Berlíně a po roce 1942 jako ředitel druhého z nich Heisenberg převzal vedoucí úlohu v německém jaderném výzkumu. Vzhledem k nacistickému kontextu byla tato role nesmírně kontroverzní. Heisenbergova výzkumná skupina byla samozřejmě neúspěšná při výrobě reaktoru nebo atomové bomby. Ve vysvětlení některé účty uvádějí Heisenberga jako jednoduše nekompetentního; jiní naopak navrhli, aby záměrně zdržel nebo sabotoval úsilí. Při zpětném pohledu je jasné, že v několika bodech výzkumu skutečně došlo k kritickým chybám. Stejně tak je zjevné, že německý projekt jaderných zbraní jako celek neměl stejnou míru nadšení, která se šířila nad projektem Manhattan ve Spojených státech. Ve výsledku však měly podstatnější roli faktory mimo přímou kontrolu Heisenberga.
Na rozdíl od sjednoceného anglo-amerického úsilí byl německý projekt byrokraticky zlomen a odříznut od mezinárodní spolupráce. Klíčových materiálů bylo v Německu nedostatek, nemluvě o rozsáhlých dislokacích způsobených bombardováním spojenecké dopravní sítě v zemi. Celková strategická perspektiva navíc kriticky ovlivnila stanovení priorit nebo zrušení priorit výzkumu jaderných bomb. Po konferenci s vědci Axis v roce 1942 dospěl německý ministr pro vyzbrojování a válečnou výrobu Albert Speer k závěru, že by měl pokračovat výzkum reaktorů, ale je nepravděpodobné, že by byla nějaká bomba vyvinuta včas pro použití ve válce. K potvrzení oficiálního zahájení projektu Manhattan ve Spojených státech došlo také v roce 1942 a ani při jeho velkém úsilí nemohl před kapitulací Německa vyrobit atomovou bombu.
Kontroverze také během válečných let vířil kolem Heisenbergových přednášek v zemích, jako je Dánsko a Nizozemsko. Tyto cesty mimo Německo byly nutně uskutečněny se souhlasem německých úřadů, a proto je kolegové v okupovaných zemích vnímali jako indikaci podpory nacistických vůdců Heisenberga a naopak. Nejznámější v tomto ohledu byla cesta do Kodaně v září 1941, během níž Heisenberg v rozhovoru s Bohrem nastolil téma výzkumu jaderných zbraní, čímž urazil a znepokojil druhého, ačkoli Heisenberg později tvrdil, že Bohrova reakce spočívala na nějakém nedorozumění. Přesný obsah rozhovoru nebyl nikdy objasněn.
V lednu 1945 byla KWI pro fyziku evakuována do měst Hechingen a Haigerloch v provincii Hohenzollern (tehdy pruská enkláva, nyní součást státu) Baden-Württemberg). V závěrečné dny války odtud Heisenberg jezdil na kole do prázdninového domu své rodiny v Bavorsku. Tam byl zajat americkým vojenským zpravodajským týmem a nakonec byl internován u několika dalších německých fyziků v Anglii. Jejich rozhovory po zprávách o atomovém bombardování v Hirošimě v Japonsku zpočátku naznačovaly, že Heisenberg neměl jasný smysl pro některé základní principy konstrukce bomb – např. Přibližné kritické množství -, ale během několika dní mnoho z těchto problémů vyřešil.